هیات امنا عالی ترین رکن دانشگاه است که وظایف و اختیارات آن در قانون تشکیل هیأت های امنای دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات ١٨١ و ١٨٣ مورخ ١٣٦٧/١٢/٩  شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و تحقیقاتی( مصوب مورخ ١٣٦٩/١٠/١٨مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است.

با شکل‌گیری نهاد دانشگاه در کشور و آغاز به کار دانشگاه تهران در سال ۱۳۱۳، شورایی به نام شورای دانشگاه شکل گرفت که بسیاری از اختیارات و وظایفی را که امروزه برعهده هیأت امناست، انجام می‌داد و در واقع دارای کارکرد هیأت امنا بود. سال ۱۳۳۹، در اساسنامه دانشگاه شهید بهشتی (ملی سابق) هیأت امنا به عنوان اولین رکن دانشگاه مطرح گردید و دانشگاه شیراز (پهلوی سابق) اولین دانشگاهی بود که عملاً دارای هیأت امنا شد. در قانون تأسیس آن دانشگاه که در سال ۱۳۴۳ به تصویب رسید، هیأت امنا، نماینده قانونی دانشگاه بود و کلیه امور علمی، فنی، آموزشی، مالی، اداری و استخدامی دانشگاه نیز زیر نظر هیأت امنا اداره می‌شد. دانشگاه صنعتی شریف نیز در سال ۱۳۴۴ دارای هیأت امنا شد.
قانون تشکیل هیأت امنای دانشگاه تهران در سال ۱۳۴۶ به تصویب مجلسین رسید و به دولت اجازه داده شد در صورت اقتضا، مقررات این قانون را در سایر دانشگاه‌ها و دانشکده‌ها و مؤسسات تعلیماتی عالی و تحقیقاتی کشور اجرا نماید. در همین سال، اولین جلسه هیأت امنای دانشگاه مشهد نیز در تاریخ ۱۵/‏۱۱/‏۱۳۴۶‬ تشکیل شد و قانون تشکیل هیأت‌های امنای مؤسسات عالی علمی– دولتی در سال ۱۳۵۰ به تصویب مجلسین وقت رسید. براساس این قانون، کلیه دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی، به منظور ایجاد هماهنگی و یکپارچگی بیشتر، موظف شدند که هیأت امنای مستقلی تشکیل دهند. سرانجام در سال ۱۳۵۳، پس از تصویب «قانون اصلاح پاره‌ای از مواد قانون هیأت‌های امنای مؤسسات علمی- دولتی» در مجلسین وقت، وزارت علوم و آموزش عالی مکلف شد که برای هر یک از دانشگاه‌های دولتی و غیردولتی و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی دولتی، هیأت امنایی با ترکیب و وظایف یکسان و طبق مقررات مربوطه تشکیل دهد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی و به استناد لایحه قانونی انحلال هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی اعم از دولتی و غیر دولتی و خصوصی مصوب ۱۳۵۷/۱۲/۱۳، وظایف و اختیارات هیأت‌های امنای کلیه دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی منحل و وظایف و اختیارات هیأت‌های امنا به هیأت سه‌نفره جانشین هیأت‌های امنا متشکل از وزیر فرهنگ و آموزش عالی، وزیر مشاور و رئیس سازمان برنامه و بودجه و وزیر طرح‌های انقلاب، واگذار شد. همچنین بر اساس مفاد قانون تشکیل هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی که در جلسات ۱۸۱ و ۱۸۳ مورخ ۰۹/‏۱۲/‏۱۳۶۷‬ و ۱۳۶۷/۱۲/۲۳ شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصویب رسید، هر یک از وزارتخانه‌های «علوم، تحقیقات و فناوری» و «بهداشت، درمان و آموزش پزشکی» مکلف شدند برای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی وابسته به خود هیأت امنایی با ترکیب مندرج در قانون یادشده تشکیل دهند.

1. حجت الاسلام والمسلمین آقای سید محمدحسن ابوترابی فرد- امام‌جمعه موقت‌تهران و عضو هیات‌امنای دانشگاه
2. زنده یاد دکتر وحید حدادی اصل ـ قائم مقام وزیر علوم و عضو هیات امنای دانشگاه
3. آقای دکتر محمدرضا مردانی ـ رئیس سازمان بسیج اساتید دانشگاه ها و عضو هیات امنای دانشگاه      
4. آقای دکتر اصغر کشتکار – قائم مقام رئیس و معاون آموزشی جامع علمی و کاربردی و عضو هیات امنای دانشگاه
5. آقای دکتر محمدرضا خانمحمدی – عضو هیات علمی دانشگاه و عضو هیات امنای دانشگاه
6. آقای محمد مهدی اعلایی _ استاندار قزوین و عضو هیات امنای دانشگاه

• تصویب آیین نامه های داخلی
• تصویب سازمان اداری دانشگاه
• بررسی و تصویب بودجه سالانه دانشگاه
• تصویب بودجه تفصیلی دانشگاه
• تصویب بودجه تفصیلی دانشگاه
• تصویب حساب ها و ترازنامه سالانه دانشگاه
• تصویب نحوه و وصول درآمدهای اختصاصی و مصارف آن
• تعیین حسابرس و خزانه دار برای دانشگاه
• کوشش برای جلب کمک های بخش خصوصی و عواید محلی اعم از نقدی، تجهیزاتی و عمرانی
• تصویب آیین نامه مالی و معاملاتی
• تصویب مقررات خاص مربوط به استخدام و گزینش اعضای هیأت علمی دانشگاه و استادان مدعو
• تصویب آیین نامه گزینش دانشجو به پیشنهاد شورای دانشگاه و تأیید رییس دانشگاه
• تصویب میزان پرداخت حق التحقیق حق التدریس، حق التألیف، حق الترجمه و نظایر آن
• تصویب نحوه اداره واحدهای تولیدی، خدماتی، کارگاهی، بهداشتی و درمانی دانشگاه
• تعیین ظرفیت دانشجو در هر سال با رعایت اولویت دانشجوی غیر ایرانی به نحوی که تعداد دانشجویان غیر ایرانی از نصف کمتر نباشد.